A unidade curricular de “Elementos de Genómica” tem os seguintes objetivos:
1. Reconhecer as diferenças entre Genética e Genómica;
2. Conhecer diferentes estratégias de sequenciação massiva;
3. Conhecer as principais questões relacionadas com a sequenciação de genomas (cobertura, profundidade, etc);
4. Analisar casos de aplicação da sequenciação massiva a situações específicas (ex: Paleogenómica);
5. Reconhecer a importância da transcriptómica em vários domínios e identificar os seus objetivos;
6. Conhecer as principais metodologias que permitem medir a expressão génica;
7. Aplicar os conhecimentos a situações teórico-práticas, dotando os alunos de capacidades para compreender as potencialidades das ferramentas genómicas de auxílio aos investigadores e profissionais biomédicos.
A unidade curricular de Elementos de Genómica tem os seguintes objetivos:
(a) reconhecer as diferenças entre Genética e Genómica
(b) conhecer diferentes estratégias de sequenciação massiva;
(c) conhecer as principais questões relacionadas com a sequenciação de genomas (cobertura, profundidade, etc);
(d) analisar casos de aplicação da sequenciação massiva a situações específicas (ex: Paleogenómica);
(e) reconhecer a importância da transcriptómica em vários domínios e identificar os seus objetivos;
(f) conhecer as principais metodologias que permitem medir a expressão génica;
(g) conhecer diferentes estratégias de sequenciação de metagenomas e reconhecer a sua importância de análise de microbiomas;
(h) aplicar os conhecimentos a situações teórico práticas, dotando os alunos de capacidades para compreender as potencialidades das ferramentas genómicas de auxílio aos investigadores e profissionais biomédicos.
As sessões teórico-práticas com maior componente expositiva estão limitadas a 3 horas, desenvolvendo-se, nas restantes horas, atividades de aprendizagem de cariz eminentemente prático, incentivando-se a discussão e participação ativa dos mestrandos. Nestas atividades de cariz teórico prático incluem- se três sessões práticas com atividades relacionadas com: a) análises in silico com recurso a ferramentas online para a deteção de locais de ligação de RNA binding proteins (RBP-Var2) e para a deteção de locais de ligação de microRNAs (PolymiRTS Database 3.0), seguidas interpretação e discussão dos resultados obtidos. Os dados utilizados nesta sessão foram obtidos no âmbito de um projeto de sequenciação exómica do qual a regente da UC foi investigadora responsável; b) análise de resultados provenientes de um estudo de expressão de GenomeWide (concretamente um array de expressão com a plataforma Illumina, desenvolvido no âmbito de um projeto do qual a regente da UC foi investigadora responsável) (www.mesca3.uac.pt), utilizando várias bases de dados disponíveis online (IntAct Molecular Interaction Database, BioGRID Database e Therapeutic Target Database) e realizando análises in sílico, nomeadamente Interaction network analysis, com recurso ao programa Ingenuity Pathaway Analysis. c) análise de resultados provenientes de um estudo de metagenomas utilizando é uma pipeline de bioinformática de código aberto para realizar análises de microbioma a partir de dados brutos de sequenciamento de DNA (QIIME) e de uma ferramenta que permite inferir o perfil funcional de uma comunidade microbiana com base no levantamento de genes marcadores ao longo de uma ou mais amostras (PICRUSt).
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